AEMA destina una parte de sus recursos a la elaboración de diferentes trabajos y estudios de fauna y vegetación, entre otros:

• Estudios específicos de avifauna : buitre negro, buitre leonado, águila imperial ibérica, avutarda y otras especies esteparias, etc.
• Planes de Recuperación, Planes de conservación,  Catálogos Regionales de Especies Amenazadas
• Obtención de un emisor GPS, marcaje y seguimiento de especies catalogadas.
• Muestreos de detección de especies catalogadas, hábitats, flora, etc. y estudio de factores determinantes sobre su distribución y hábitat.
• Estudios sobre hábitats catalogados y espacios naturales en áreas de elevado valor ecológico (áreas forestales, bosque mediterráneo, áreas esteparias , vegetación riparia, humedales, etc).
• Estudios de mortalidad de avifauna por tendidos eléctricos a fin de identificar tramos y apoyos problemáticos sobre los que poder realizar una gestión más eficaz.

Todos los trabajos están realizados según una base metodológica desarrollada durante años, en la cual se presta una especial atención a las especies incluidas en los Catálogos de Especies Amenazadas , con el objeto de conocer la evolución de sus poblaciones y determinar el impacto real de cada proyecto.